Maguire sinh ở Santa Monica, California, là con của một nữ thư ký mẫn cán và một người cha làm thợ xây dựng và đầu bếp, anh có 4 anh em cùng cha khác mẹ và cùng mẹ khác cha.[1] Cha mẹ anh, một người 18 tuổi và một người 20 tuổi, đã không kết hôn tại thời điểm cậu sinh ra, hai người sau đó đã ly hôn khi Maguire lên 2 tuổi.[2] Maguire trải qua thời thơ ấu di chuyển từ thành phố này qua thành phố khác, sống với mỗi bên cha hoặc mẹ và các thành viên khác của gia đình.[3] Lúc trẻ anh mong một ngày được vào bếp với vai trò bếp trưởng tài năng và muốn ghi danh học một lớp kinh tế gia đình lúc cậu học lớp sáu. Mẹ cậu đã cho cậu 100 USD để đăng ký lớp học kịch thay vì học nấu ăn và cậu đã đồng ý[4].Việc chuyển trường liên tục đã bắt đầu ảnh hưởng đến tâm lý của Maguire. Cuối cùng, sau 1 lần chuyển trường khác, cậu đã quyết định nghỉ học để theo đuổi sự nghiệp diễn xuất.[5] Năm 2000, Maguire đã nhận được tấm bằng GED, nói về những ngày còn ở trường học, "Tôi đã không làm gì ở trường; tôi có mặt ở đó, nhưng không góp phần gì cả."[6]